分子相互作用儀可以用于研究分子之間的各種相互作用，如鍵合力、范德華力、氫鍵等。通過實驗測量分子之間的相互作用能力，可以對分子的結構、性質和反應機理等進行深入了解。其中，分子間的氫鍵作用是一個重要的研究方向，它涉及到諸多領域，如催化、藥物設計、材料科學等。分子作用儀可以用于研究氫鍵的強度、方向、長度等參數，從而為相關研究提供有效手段。
分子相互作用儀適用于各類小分子化合物、多肽、蛋白質、寡核苷酸和寡聚糖直至類脂、噬菌體、病毒和細胞等生物體系的免標記分析，廣泛用于蛋白質組學研究，癌癥研究，新藥研發，信號傳遞，多分子復合物的結構和組裝，分子識別，免疫調節，免疫測定法，疫苗開發，瞬時結合，配體垂釣，結合特異性，結構與功能的關系，酶反應等應用領域。
分子相互作用儀應用范圍：
分析領域：分子相互作用模式的研究；動力學常數的測定；親和常數測定，濃度的測量及構象變化的速率等。
生命科學研究領域：蛋白質組學研究、癌癥研究、新藥研發、信號傳遞、分子識別、熱力學分析、免疫調節、免疫測定、疫苗開發、瞬時結合、配體垂釣、結合特異性、結構與功能的關系及酶反應等。
分析樣品類型：小分子化合物、多肽、蛋白質、寡核苷酸、寡聚糖到類脂、脂質體，噬菌體、病毒樣顆粒和細胞等。
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